تتولى الإشراف على أعمال إدارات الموانئ التالية:
اللاذقية ـ طرطوس ـ بانياس ـ جبلة ـ موانئ الصيد والنزهة باللاذقية وبانياس وميناء الطاحونة بطرطوس ـ ميناء البسيط.
عمل المديرية على تطبيق التشريعات البحرية داخل الموانئ والمياه الإقليمية وعلى متابعة الإعلانات الملاحية وتعميمها, وتأمين التسهيلات الملاحية اللازمة للمحافظة على سلامة إبحار السفن, كما تعمل على تأمين إزالة العوائق الملاحية الموجودة والطارئة وعلى متابعة مواقف الأمن الملاحي.

أولا ـ دائرة الحجز والمقاطعة:

تتولى مهام إلقاء الحجوزات على الزوارق والسفن التجارية بمختلف أنواعها ومتابعة تطبيق أحكام المقاطعة على السفن المشمولة بالمقاطعة وتنفذ هذه المهام من خلال :
‌أ- شعبة الحجز: تتولى تعميم قرارات إلقاء الحجوزات ورفعها الصادرة عن الجهات والمحاكم المختصة وتعميمها على كافة الموانئ وتسجيلها في سجلات خاصة.

1- شعبة الحجز: تتولى تعميم قرارات إلقاء الحجوزات ورفعها الصادرة عن الجهات والمحاكم المختصة وتعميمها على كافة الموانئ وتسجيلها في سجلات خاصة.
2- شعبة المقاطعة: تتولى مسك سجلات السفن المدرجة على القائمة السوداء والموضوعة تحت المراقبة في الموانئ لتطبيق أحكام المقاطعة.

ثانياً ـ دائرة المساحة البحرية والفنارات:

تتولى هذه الدائرة كافة الشؤون الفنية المتعلقة بالتسهيلات الملاحية وشؤون المساحة البحرية على الساحل السوري والعمل على تطويرها وفق ما يردها من نشرات فنية وتعمل من خلال:

1- شعبة المساحة البحرية:

تتولى كافة الشؤون المتعلقة بالمساحة البحرية كأعمال مسح الساحل العربيالسوري و المياه الإقليمية ودراسة أعماق البحر, وإصدار الخرائط البحرية الملاحية. تتولى المهام التالية:

• القيام بأعمال المسح البحري الشامل لساحل الجمهورية العربية السورية والمياه الإقليمية والمنطقة الاقتصادية.
• إعداد الدراسات حول أعماق البحار وطبيعة القاع وتقديم المساعدات والاستشارات البحرية.

إعداد كافة الدراسات اللازمة لمعرفة طبيعة و خصائص ماء البحر "تيارات. درجة حرارة. ملوحة. ناقليه ..."

و قد تم شراء زورق خاص بأعمال المسح الهيدروغرافي تدمر.

2- شعبة الفنارات:
تتولى هذه الشعبة مسؤولية تشغيل الفنارات الضوئية المنتشرة على الساحل و في البر, و تأمين جاهزيتها من حيث الإصلاح و تامين مواد التشغيل المختلفة . هذه الفنارات موزعة على الشكل التالي:

منطقة اللاذقية:
فنار رأس البسيط ـ فنار ابن هاني ـ فنار ميناء اللاذقية ـ فنارات المكاسر الرئيسية و الثانوية في كل من ميناء اللاذقية وجبلة .

منطقة طرطوس :
فنار الحصين جنوب بانياس ـ فنارات المكاسر الرئيسية والثانوية لكل من ميناء المصب البترولي في بانياس ـ ميناء المصب البترولي في طرطوس- ميناء طرطوس التجاري.

ثالثاً ـ دائرة الإنقاذ والخدمات البحرية:

تتولى أعمال الإنقاذ والإطفاء والمساعدة البحرية :

• تنظيف وتعميق الموانئ والممرات البحرية السورية.
• الاشتراك مع دائرة المساحة البحرية في خدمة وإصلاح العوامات والعلامات الضوئية.
• اتخاذ الإجراءات الكفيلة بالتعامل مع كل ما يتعلق بالكوارث البحرية والحطام البحري وفق الأحكام النافذة.

وتنفذ هذه المهام من خلال شعبة العائمات البحرية وتضم القاطر جولان والزوارق وتتولى المهام التالية

1. إنقاذ السفن المعرضة للأخطار كالجنوح والغرق والحريق.
2. المساعدة في مكافحة نشوب الحرائق في السفن والعائمات والمنشات السياحية.
3. تقديم العون والمساعدة أثناء الحوادث البحرية لإنقاذ الأرواح في البحار.
4. المساهمة في مكافحة التلوث حين الطلب من الدائرة المختصة.
5. القيام بأعمال القطر للسفن داخل وخارج الموانئ لقاء أجورتحدد بقرار من الوزير.
6. تقديم كافة الخدمات التي تطلبها الجهات المختصة.
7. القيام بالدوريات البحرية لمكافحة وقمع المخالفات.
8. مراقبة السفن التجارية والفلوكات لمنع التسلل والأعمال الممنوعة ضمن المياه الإقليمية والموانئ.
9. المساهمة في تأمين نقل العاملين بالميناء إلى السفن لإعطاء حرية المخالطة أو نقل المرضى والجرحى من السفن, والمحافظة على السلامة البحرية.
10. القيام بكافة الأعمال والمهام التي تكلف بها ضمن اختصاصها.
11. متابعة أعمال السفن الجانحة لإزالتها بالكامل تنفيذاً لأحكام القانون رقم36 لعام 2003 الخاص بالكوارث البحرية والحطام البحري.

رابعاً ـ دائرة مكافحة التلوث:

تتولى هذه الدائرة المهام التالية:

• دراسة الاتفاقيات والبروتوكولات الدولية المعنية بحماية البيئة البحرية واستخلاص ما يمكن تطبيقه على المستوى الوطني.
• الكشف والتحقيق في حوادث التلوث البحري سواء من مصدر بري أو بحري.
• القيام بوضع الخطط الاستثمارية السنوية وبيان متطلبات العمل من تجهيزات ومعدات.
• متابعة المراسلات الواردة بخصوص البضائع الخطرة المستوردة ودراسة تلك المراسلات وإعطاء الأمور التوجيهية بما يخص قبول هذه البضائع وطرق التعامل معها أثناء التفريغ والتخزين.
• القيام بأعمال القطر للسفن داخل وخارج الموانئ لقاء أجورتحدد بقرار من الوزير.
• التنسيق مع الجهات الوطنية المعنية بحماية البيئة ككل والمشاركة بالنشاطات وتقديم المشورة في بعض المواضيع البيئية.
• التنسيق مع الجهات الدولية ذات الصلة من خلال المراسلات واللقاءات والذي من شأنه رفع السوية الفنية للعاملين في هذه الدائرة.
• المساهمة في تطبيق خطة الطوارئ الوطنية من خلال المساهمة وتنفيذ ما يتوجب على المديرية العامة للموانئ وفق ما جاء في هذه الخطة.
• وضع برنامج زمني للتدريب والتأهيل بما يكفل رفع مستوى العاملين في مجال الاستعداد والتصدي لحوادث التلوث الطارئة.
• و قد تم شراء زورق خاص بأعمال مكافحة التلوث البحري بصرى الشام.

خامساً ـ دائرة الميناء:

تختص دائرة الميناء ضمن المنطقة البحرية التابعة لها بالأعمال التالية:

1- التصريح بدخول و خروج السفن من و إلى الميناء:

يتم إعلام مديرية الميناء عن وصول السفينة قبل 24 ساعة على الأقل و عند وصولها يتم الصعود إليها من قبل لجنة حرية المخالطة برئاسة مندوب الميناء حيث يتم التدقيق في شهادات السفينة الرسمية وسجلاتها للتأكد من صلاحيتها و من عدم وجود أي عائق يمنع دخول السفينة وعلى أثرها يمنح السفينة تصريح دخول و بناء عليه يتم تشغيل السفينة وأثناء المغادرة وبعد التأكد من أن السفينة غير محجوزة لذي سبب و بريئة الذمة تمنح تصريح السفر.

2- تنفيذ أوامر إغلاق و فتح الميناء:

عند الأحوال الجوية السيئة أو أي عارض قد يحدث و يؤئر على دخول و خروج السفن من وإلى الميناء يتم إغلاق الميناء بناء على أوامر من مدير الميناء بوجه الملاحة وذلك حرصاً على سلامة السفن و طواقمها ويقوم الميناء بإبلاغ كافة الجهات المختصة (إرشاد- وكلاء...) بذلك ولا يتم فتح الميناء إلا بعد زوال السبب.

3- استقبال ربابنة السفن ووكلاء الشركات الملاحية:

دائرة الميناء هي المسؤولة عن استقبال ربابنة السفن والوكلاء و تسهيل أعمالهم ودراسة الشكاوى المقدمة منهم ومعالجتها مع الجهات المختصة و إبلاغهم عن التعليمات والأوامر في حينه.

4- مراقبة دخول و خروج السفن و حركة الملاحة في الميناء:

إن هذا البند هو مسؤولية الميناء حصراً كما هو وارد في المرسوم 154 و النظام الداخلي للمديرية العامة للموانئ وأن هذه المهمة لا يمكن متابعتها إلا إذا كانت دائرة الإرشاد تابعة لدائرة الميناء لكي تتم السيطرة على حركة الملاحة داخل الميناء.

5- التحقيق في حوادث الاصطدامات ورفع التقارير:
عند الإبلاغ عن أي حوادث تصادم لأي سفينة أوعائمة بحرية فان مسؤولية التحقيق في هذه الحادثة تقع على عاتق دائرة الميناء حيث تقوم الدائرة بشكل مبدئي بالكشف على الحادث ومعرفة ظروفه ومن ثم إبلاغ المديرية العامة بنتائج الكشف لاستبيان الرأي ورفع التقارير إلى الجهات المختصة.

6- ضبط بطاقات السفن للقوانين والأنظمة البحرية:
يتم تقديم الخدمات للسفن من خلال رخص تصدر عن المديرية العامة للموانئ حيث تتم مراقبة صعود الأشخاص إلى هذه السفن و التدقيق في رخصهم ومدى صلاحيتها من قبل مديرية الميناء وتحت إشرافها.

7- مراجعة سجلات وأوراق السفن التي تدخل الموانئ:
من مهام مديرية الميناء إجراء كشوفات فجائية على جميع أنواع السفن التي تدخل إليها وذلك للتأكد من تطبيق هذه السفن للاتفاقيات الدولية ومن جميع سجلات وأوراق السفينة الفنية ومن تجهيزاتها المختلفة كبقية موانئ العالم وإيقاف السفن المخالفة لحين زوال السبب.

8- تنفيذ أحكام وقرارات مكتب مقاطعة إسرائيل:
ترسل من المديرية العامة للموانئ إلى الميناء كتب وبلاغات من مكتب مقاطعة إسرائيل حيث تنظم في سجل خاص وأثناء إعطاء حرية المخالطة للسفن يتم الكشف على اسم السفينة الحالي والسابق و يتم مطابقته مع الأسماء الموجودة في السجل وعندما تكون السفينة مدرجة تمنع من الدخول بعد إبلاغ المديرية العامة للموانئ بذلك وفي حال كانت غير مدرجة على القائمة السوداء يسمح لها بالدخول و ذلك استناداً للمبادئ الأساسية لمقاطعة إسرائيل.