تقع المديرية العامة للموانئ في مدينة اللاذقية حيث تتولى الإشراف على أعمال إدارات الموانئ التالية:
اللاذقية - طرطوس – بانياس – جبلة - أرواد - موانئ الصيد والنزهة في اللاذقية و بانياس.
حيث تعمل على تطبيق التشريعات البحرية داخل هذه الموانئ , كما تقوم بتأمين التسهيلات الملاحية اللازمة للمحافظة على سلامة إبحار السفن , كما تعمل على التحقيق في حوادث التصادم وحرائق السفن وحوادث الشغب على السفن وحوادث التلوث البحري سواء من مصدر بري أو بحري , كما تتولى مهام إلقاء الحجوزات على الزوارق والسفن التجارية بمختلف أنواعها, وهي المسؤولة عن عملية إغلاق و فتح المرافئ عند أي عارض قد يحدث ويؤثر على دخول وخروج السفن من وإلى المرفأ, وتسيطر المديرية على حركة الملاحة داخل الموانئ من خلال مراقبة دخول وخروج السفن , وتقوم بأعمال مسح المياه الإقليمية السورية وإنتاج الخرائط وتشغيل الفنارات الضوئية المنتشرة على الساحل وفي البر وتأمين جاهزيتها وتقوم بالمهام المذكورة السابقة مديرية شؤون الموانئ .
كما تمنح المديرية العامة للموانئ مجموعة من الشهادات البحرية والتراخيص وهي:
- شهادة إقرار بالاعتراف لشهادة كفاءة صادرة عن دولة مصنفة على اللائحة البيضاء .
- تراخيص المهن البحرية بكافة أنواعها.
- دفتر البحار.
- الرخص الساحلية و رخص بناء الزوارق.
- كما تقوم بكافة الإجراءات الخاصة بتسجيل ومنح شهادات السفن السورية والأعمال الأخرى وكافة هذه الأعمال تتم من خلال مديرية التفتيش البحري .
- تتولى المديرية مراقبة الأملاك العامة البحرية ومنع التعدي عليها وحراسة المنشآت التابعة للموانئ و السفن والزوارق المحجوزة أو المصادرة من خلال مديرية خفر السواحل .
- كما تعالج المديرية كافة المواضيع المتعلقة بالصيد البحري بكافة وسائطه وأشكاله وتنظيم الضبوط اللازمة بحق المخالفين لقوانينه وتمنح رخص صيد مترجل وذلك من مديرية الصيد والأملاك البحرية .
- وتقوم المديرية بدراسة المعاهدات والاتفاقيات البحرية الدولية وإعداد مشاريع صكوك الانضمام إليها فيما إذا كانت مناسبة ومتابعة تنفيذ الاتفاقيات البحرية الدولية المبرمة بين سورية والدول العربية والأجنبية.
- تصادق على الشهادات الأهلية الصادرة عن المؤسسة العامة للتدريب و التأهيل البحري .