تضم هذه المديرية شعبتين:

شعبة الأملاك البحرية :

وهي مسؤولة عن كافة الإجراءات المتعلقة بحماية الأملاك العامة البحرية التي تتعلق بالأملاك العامة(استجرار رمل. بحص. إقامة مباني و منشآت) و منع التعدي عليها.

شعبة الصيد البحرية:

وتعمل على معالجة المواضيع المتعلقة بالصيد البحري بكافة وسائطه وأشكاله (زوارق . أقفاص . شبك) وتنظيم الضبوط اللازمة بحق المخالفين لها , كما تقوم بتنظيم رخص الصيد البحري للزوارق العاملة في المياه الإقليمية ورخص صيد المراكب الجارفة .